Здравствуйте!
Последствий никаких, было бы хуже, если бы поступили наоборот.
Читаем
Цитата: 1.Налогоплательщиками являютсяорганизации ииндивидуальные предприниматели,осуществляющиена территории муниципального района, городского округа, городов федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга и Севастополя, в которых введен единый налог, предпринимательскую деятельность, облагаемую единым налогом, и перешедшие на уплату единого налога в порядке, установленном настоящей главой.
Поскольку физ. лицо снято с учета как Индивидуальный Предприниматель, то уже не является плательщиком.
Заявление подается в случае, когда деятельность по ЕНВД прекращается, но осуществляется деятельность в рамках другой системы налогообложения - ОСНО или УСН. Это не Ваш случай.